Après avoir soutenu une thèse d’État, Beethoven et la modernité (Paris, 1993), pour laquelle il a obtenu les félicitations du jury à l’unanimité, Bernard Fournier a enseigné dans le département de musicologie de l’université Paris VIII où il était chargé de la préparation à l’agrégation de musique (histoire de la musique).

Il  a toujours pratiqué une musicologie humaniste nourrie par ses multiples centres d’intérêt. Ingénieur de formation (École centrale de Lille), violoniste amateur, Bernard  Fournier, a été pendant quarante ans premier violon de quatuors semi-professionnels (Quatuor Serioso depuis 1986, Quatuor Antonia depuis 1990) donnant jusqu’à dix concerts par an. Son amour de la littérature l’a conduit à soutenir une thèse sur Stendhal, Sémiologie des personnages de Lucien Leuwen (Paris 1976).

Il a publié, dès les années 1970, plusieurs articles d’analyse littéraire et de musicologie (notamment dans la Revue Europe). Il est l’auteur de L’Esthétique du quatuor à cordes (Fayard 1999), ouvrage pour lequel il a obtenu le Prix des Muses 2000 du meilleur essai, et de L’Histoire du quatuor à cordes (Fayard 2000, 2004, 2010) en trois volumes : le tome 1 traite de la période de Haydn à Brahms, le tome 2 de 1870 à l’entre-deux guerres et le tome 3 de l’entre-deux-guerres au XXIe siècle, les deux derniers en collaboration avec Roseline Kassap-Riefenstahl. Le tome 3 a été distingué par quatre récompenses : coup de cœur de l’académie Charles Cros (musique contemporaine), prix du syndicat de la critique, Prix Cattenacci de l’académie des Beaux-Arts, Prix des Muses (Histoire de la musique). Dans le cadre de la Folle journée de Nantes 2005 consacrée à Beethoven, il a publié chez MIRARE, Les Quatuors de Beethoven, Programme et guide d’écoute, dans le cadre de l’intégrale chronologique. 

            Bernard Fournier est fréquemment sollicité pour rédiger des notices de concert (ProQuartet, Abbaye de l’Épau, Musée d’Orsay, Philharmonie de Luxembourg, Quatre archets pour Dijon, Musicades de Lyon, etc.) et des articles sur le quatuor à cordes, comme ce fut le cas à l’occasion de certaines biennales de quatuor à cordes de la Cité de la Musique. Parmi ses articles récents les plus importants, il a publié en 2011 un article « Le Quatuor, figure emblématique de la musique occidentale » dans la revue L’éducation musicale en relation avec un sujet de l’agrégation de musique et en 2013 « Quelques clefs pour comprendre et goûter l’art du quatuor » dans le « beau livre » Voces intimae, le quatuor au rendez-vous des arts et des lettres, édité par l’association belge Proquartetto. (Cf. Liste des publications).  

Membre fondateur de l’Association Beethoven France, il rédige régulièrement des articles pour la revue de l’association. Il poursuit notamment la rédaction d’une série d’études de la Missa Solemnis, regroupées sous le titre La Missa Solemnis, Chef d’œuvre mal entendu. (Cf. Liste des articles de la revue de l'ABF).

Il est régulièrement invité à prononcer des conférences dans le cadre de manifestations où le quatuor à cordes occupe une place importante (Cf. Liste des conférences).

            Il a également participé à des émissions de télévision (Antenne 2, Télévision de Suisse romande, Direct 8) et à de nombreuses émissions de radio autour du quatuor à cordes (Cf. Liste des émissions de radio et télévision) sur France-Musique et France Culture ou à la Radio-Suisse-Romande et à la RTBF (Cf. Liste des documents sonores [émissions de radio et conférences] présents sur ce site).

            Bernard Fournier travaille régulièrement en collaboration avec le Quatuor Ysaÿe pour lequel il a rédigé pendant plusieurs saisons des textes de programme. En 2004 et 2005, il a participé aux différentes intégrales chronologiques des quatuors de Beethoven que le grand quatuor français a données à Tours, Nîmes et Saint-Émilion et pour lesquelles il assuré les présentations de chaque concert en les illustrant d’exemples musicaux joués par le quatuor. Il a rédigé la plupart des textes des livrets d’accompagnement des disques enregistrés par le Quatuor Ysaÿe (Ysaÿe Records) . Il collabore également avec d’autres labels comme Nascor, Mirare ou Naïve et écrit des textes pour les quatuors Ébène, Hermès, Modigliani, Psophos, Terpsycordes et Voce (Cf. Liste des livrets de CD).

           Depuis janvier 2011, il participe sous forme d’entretiens filmés à Parade, lettre électronique des éditions Universal, où il est question de « quatuors d’aujourd’hui » (Cf. Liste des vidéos Universal).  
En 2014, il a publié chez Fayard le Panorama du quatuor à cordes qui propose une synthèse des quatre ouvrages précédents sur le quatuor, destinée à faire découvrir ce genre à un large public.